La Cripta del Santuario è il cuore della storia di Santa Maria del Monte. Al suo interno, sono conservati i resti della prima chiesa costruita sulla montagna e affreschi tre-quattrocenteschi che decorano le pareti, oltre a importanti evidenze archeologiche che testimoniano l'antichità del culto e del luogo. La visita consentirà di conoscere anche i lavori di restauro e le soluzioni ingegneristiche adottate per la riapertura al pubblico avvenuta nel 2015.
La storia di Santa Maria del Monte potrà essere seguita anche all'interno del Museo Baroffio, il più antico museo di Varese tuttora visitabile. La visita permette di ammirare autentici capolavori dell'arte lombarda dal Medioevo al Settecento e contemporaneamente di volare lontano, sulla scia dei tanti dipinti fiamminghi e olandesi donati dal Baroffio, o verso alcuni protagonisti dell'arte europea del Novecento, come Henri Matisse e Georges Rouault.
Grazie alla sala di tema mariano, voluta da monsignor Pasquale Macchi con più di sessanta opere di noti artisti del XX secolo, è offerto uno sguardo particolare su autori che hanno lavorato anche al Sacro Monte quali Renato Guttuso, Floriano Bodini, Enrico Manfrini, Trento Longaretti. Il terrazzo privato del museo regala una vista amplissima sul panorama.